Sous la responsabilité de Christian Lafage, Président de l'Ireb, une équipe permanente anime l'ensemble des activités de l'Institut coordonnée par Nicole Leymarie en liaison étroite avec la direction scientifique.

Un comité de direction supervise le fonctionnement de l'Institut et assure les relations avec les sociétés adhérentes.

Un comité scientifique indépendant et bénévole animé par Marie Choquet, présidente, et composé de personnalités scientifiques de haut niveau détermine les grandes orientations de la recherche dans les domaines les plus divers de l’alcoologie : médical, biologique, sociologique, psychologique...

Le comité sélectionne les équipes de recherche. Cette sélection tient compte à la fois de la qualité des chercheurs et de l'intérêt des travaux proposés. Elle garantit l'indépendance des recherches subventionnées.

Un comité de direction supervise le fonctionnement de l'Institut et assure les relations avec les sociétés adhérentes. Les principes de fonctionnement de l'Ireb sont détaillés dans une charte éthique qui garantit notamment l'indépendance de la recherche et du comité scientifique.